De første apoteker fungerede både som krostuer og leverandører af eksotiske lækkerier. Desuden var apoteket en større virksomhed med eget laboratorium, hvor der blev fremstillet piller, miksturer og andre typer medicin.
Det første apotek åbnede i København. Tre år senere blev det første apotek i provinsen oprettet. Herefter kom der et nyt apotek til omkring hvert femte år. I 1672 var der 24 apoteker i Danmark. I den periode fik blandt andre Århus, Viborg, Aalborg og Ribe et apotek.
I 1672 slog medicinalordningen fast, at apotekerne havde eneret til at tilberede og forhandle lægemidler. Samtidig måtte ingen drive apotek uden at have kongelig bevilling til det. Medicinalordningen gav også alle apotekerne i provinsen lov til at forhandle vin. Det skulle hjælpe på økonomien der, hvor salget af lægemidler var småt. Den ret forsvandt med en ny apotekerlov i 1913. Her mistede apotekerne også eneretten til at fremstille lægemidler. Nu havde de kun ret til det.
På det tidspunkt havde den industrielle udvikling taget fart. Mere og mere af produktionen blev efterhånden overtaget af medicinalvirksomheder. Lovkravene til apotekernes produktion blev samtidig strengere. Derfor kunne det efterhånden ikke længere svare sig, at apotekerne selv fremstillede lægemidler. I dag er apotekernes produktion helt ophørt.
Antallet af apoteker toppede i 1961 med 354, og i dag er der 314 apoteker.
Apotekernes mærkelige dyrenavne
Mange af de ældre apoteker har dyrenavne, som eksempelvis løve, svane eller delfin. Det kan man ikke give nogen entydig forklaring på, men der findes nogle sandsynlige teorier. I middelalderen begyndte man at give byernes huse navne for at kunne identificere dem. Dengang kendte man nemlig ikke til husnumre. De blev først almindelige i slutningen af 1700-tallet. Og da mange mennesker ikke kunne læse, var det ikke til stor nytte at skrive husets navn med bogstaver. I stedet anbragte man en karakteristisk figur, eksempelvis et dyr, så man kunne identificere bygningen. I forbindelse med den tradition kan man være begyndt at give apotekerne et særpræget navn og et symbol.
En anden forklaring kan være, at en del kvarterer havde dyrebetegnelser, som for eksempel Løvens Kvarter. Derfor var det oplagt for lokale virksomheder at vælge navnet på kvarteret. Endelig kan apotekernes dyrenavne hænge sammen med, at dyresymbolik i fortiden spillede en stor rolle. Det kan man blandt andet genfinde i kristendommen, alkymien og astrologien. Løven blev således brugt som navn, fordi den udstrålede styrke og var et billede på livskraften. Og svanen var et billede på klogskab, ro og værdighed. Hjorten var livskildens symbol, og flere af dens kropsdele blev tilskrevet stærke helbredende kræfter. Ørnen var et symbol på Kristi himmelfart og lysets sejr over mørkets magter. Elefanten var simpelthen et spændende blikfang på grund af dens størrelse og udseende.