Danmarks Apotekerforening har 214 medlemmer, som beskæftiger cirka 5.600 medarbejdere på apotekerne. Det overordnede ansvar for foreningens aktiviteter og politiske virksomhed varetages af bestyrelsen, der består af syv apotekere.

Foreningens medlemmer er placeret i otte kredsforeninger, der er lokale afdelinger af Apotekerforeningen. Kredsforeningerne varetager medlemmernes faglige interesser lokalt.

Danmarks Apotekerforening ejer datterselskaberne DataPharm (apoteks-it) og Pharmakon, der er en uddannelsesinstitution, som blandt andet uddanner farmakonomer og efteruddanner apotekspersonale.

Danmarks Apotekerforening er involveret i internationalt samarbejde blandt andet via PGEU (Pharmaceutical Group of the European Union) og FIP (Fédération Internationale Pharmaceutique).

Sekretariat

Foreningens daglige drift varetages af et sekretariat, der servicerer apotekerne og varetager deres interesser, blandt andet som forhandlingspartner i forhold til Sundheds- og Ældreministeriet og de to personaleorganisationer på apoteksområdet, Pharmadanmark og Farmakonomforeningen.

Foreningens sekretariat består af 60 medarbejdere og ledes af administrerende direktør Anders Kretzschmar og viceadministrerende direktør Dan Rosenberg Asmussen.

Sekretariatet blev oprettet i 1926 og flyttede i 1986 ind i Dehns Palæ, Bredgade 54. Efter en meget voldsom brand i palæet i maj 2010 holdt foreningens sekretariat til på Kanonbådsvej 10 på Holmen, mens Dehns Palæ var under genopbygning. Sekretariatet flyttede i september 2015 tilbage til Dehns Palæ.