Betalinger til og fra udligningsordningen beregnes ud fra apotekets omsætning og ikke ud fra overskuddet. Ordningen sikrer altså ikke apotekerne et bestemt overskud. Herved undgås det, at udligningsordningen fjerner apotekerens tilskyndelse til at optimere apotekets drift. Et lille apotek, der modtager tilskud, har derfor samme interesse i at spare omkostninger eller opsøge ny omsætning som et stort apotek, der betaler afgift.
Stor spredning i apotekernes omsætning
Der er meget stor forskel på, hvor meget de enkelte apoteker omsætter for. De store apoteker med en afgiftspligtig omsætning over gennemsnittet betaler en afgift på 3,6 procent af den del af omsætningen, der ligger over gennemsnitsomsætningen. På samme måde får apotekere med en afgiftspligtig omsætning under gennemsnittet et tilskud på 3,9 procent af det beløb, de ligger under gennemsnittet. Fra 2016 beskæres udligningstilskuddet ved, at beløbsgrænsen fastfryses på 35 millioner kroner, hvilket er lavere end gennemsnittet,
Udligning sikrer medicin i yderområderne
Tilskuddet er rettet mod de mindre apoteker i landområderne. Kun de apoteker, der ligger mere end fem kilometer fra et andet apotek, kan få tilskud. Et lille apotek, der ligger mindre end fem kilometer fra et andet apotek, kan altså ikke få tilskud. De betaler dog afgift, hvis deres afgiftspligtige omsætning er over gennemsnittet.
Uden udligningstilskud ville det ikke være rentabelt at drive en stor del af de små apoteker, som servicerer borgerne i de mindre byer og på landet.
Omkring 33 millioner kroner omfordeles årligt som følge af denne ordning, og cirka 30 procent af apotekerne får udligningstilskud.