Danmarks Apotekerforening har 213 medlemmer, der beskæftiger ca. 5,600 employees at pharmacies. Det overordnede ansvar for foreningens aktiviteter og politiske aktiviteter udføres af bestyrelsen, der består af syv apotekere.

Foreningens medlemmer er placeret i otte kredsforeninger, der er lokale afdelinger af Apotekerforeningen. Kredsforeningerne udfører medlemmernes faglige interesser lokalt.

Danmarks Apotekerforening ejer datterselskaberne DataPharm (apoteks-it) og Pharmakon, der er en uddannelsesinstitution, der bl.a. uddanner farmakonomer og efteruddanner apotekspersonale.

Danmarks Apotekerforening er involveret i internationalt samarbejde bl.a. via PGEU (Pharmaceutical Group of the European Union) og FIP (Fédération Internationale Pharmaceutique).

Sekretariat

Foreningens daglige drift varetages af et sekretariat, der servicerer apotekerne og varetager deres interesser, blandt andet som forhandlingspartner i forhold til Sundheds- og Ældreministeriet og de to personaleforeninger i apotekområdet, Pharmadanmark og Farmakonomforeningen.

Foreningens sekretariat består af 60 medarbejdere og ledes af administrerende direktør Anders Kretzschmar og viceadministrerende direktør Dan Rosenberg Asmussen.

Sekretariatet blev grundlagt i 1926 og flyttede i 1986 til Dehns Palæ, Bredgade 54. Efter et meget stærkt mærke i paladset i maj 2010 blev foreningens sekretariat afholdt på Kanonbådsvej 10 i Holmen, mens Dehns Palæ var under genopbygning. Sekretariatet flyttede i september 2015 tilbage til Dehns Palæ.