Danmarks Apotekerforening har 182 medlemmer, der beskæftiger ca. 5.600 ansatte på apotek. Det overordnede ansvar for foreningens aktiviteter og politiske aktiviteter forvaltes af bestyrelsen, der består af syv apotekere.
Foreningens medlemmer er placeret i fem kredsforeninger, der er lokale afdelinger af Apotekerforeningen. Kredsforeningerne varetager medlemmernes faglige interesser lokalt.
Danmarks Apotekerforening ejer datterselskaberne DataPharm (apoteks-it) og Pharmakon, der er en uddannelsesinstitution, der bl.a. uddanner farmakonomer og efteruddanner apotekspersonale.
Danmarks Apotekerforening er involveret i internationalt samarbejde bl.a. via PGEU (Pharmaceutical Group of the European Union) og FIP (Fédération Internationale Pharmaceutique).
Sekretariat
Foreningens daglige drift varetages af et sekretariat, der servicerer apotekerne og varetager deres interesser, blandt andet som forhandlingspartner i forhold til Indenrigs- og Sundhedsministeriet og de to personaleforeninger i apoteksområdet, Pharmadanmark og Farmakonomforeningen.
Foreningens sekretariat består af 56 medarbejdere og ledes af administrerende direktør Anders Kretzschmar og viceadministrerende direktør Dan Rosenberg Asmussen.
Sekretariatet blev grundlagt i 1926 og flyttede i 1986 til Dehns Palæ, Bredgade 54. Efter en storbrand i palæet i maj 2010 blev foreningens sekretariat midlertidigt flyttet til Kanonbådsvej 10 på Holmen, mens Dehns Palæ var under genopbygning. Sekretariatet flyttede i september 2015 tilbage til Dehns Palæ.