Apotekernes samlede bruttoavance aftales normalt for to år ad gangen. Det sker ved forhandlinger mellem Danmarks Apotekerforening og Sundheds- og Ældreministeriet. Bruttoavancen er apotekernes samlede dækningsbidrag for alle varer og tjenesteydelser. Den opgøres som hele omsætningen minus vareforbruget, og skal dække alle driftsudgifter. Den største udgift er løn, men også andre ting som husleje samt investeringer i indretning og it skal dækkes af bruttoavancen. Det overskud som er tilbage, når alt er betalt, er apotekerens aflønning.
Apotekets nøgletal kan findes i publikationen Lægemidler i Danmark. Der er blandt andet oplysninger om, hvordan apotekets omsætning og omkostninger er sammensat.
Lægemiddelavancen fastsættes af myndighederne
For de lægemidler, der kun må sælges fra apotekerne, fastsættes avancen af Ministeriet for Sundhed og Forebyggelse. Den er ens på alle apoteker, og er beregnet så nettoavancen ikke afhænger af prisen.
I årets løb følger ministeriet bruttoavancens udvikling i forhold til det aftalte. Hvis apotekerne i en periode har en større omsætning end aftalt, sættes avancen per lægemiddelpakning ned. Herved bliver lægemidlerne billigere. Er apotekernes omsætning mindre end aftalt, sættes avancen derimod op. Det sikrer, at den samlede avance ikke overskrider det aftalte. Det tilstræbes at sætte lægemiddelavancen, så den aftalte bruttoavance opnås inden for året. Men da det sjældent er muligt at ramme helt, bliver eventuelle under- eller overskridelser ved årets afslutning overført til året efter.
Den samlede avance er på omkring 20 procent for medicin på recept. Avancen på nogle af apotekernes andre varer som hudpleje, plastre og vitaminer er ofte højere end avancen på lægemidler. Salg af disse varer er således med til at finansiere lægemiddeldistributionen.