Den enkelte apoteker ejer selv sit apotek og er personligt økonomisk ansvarlig for finansiering og drift af apoteket. Derved adskiller apotekerne sig fra det øvrige sundhedsvæsen, der hovedsageligt drives af regionerne. Det er Lægemiddelstyrelsen, der udnævner apotekeren ud fra, hvem de finder er bedst egnet til at drive den konkrete bevilling. Når man har fået en bevilling som apoteker, ligger placeringen af apoteket fast. Men man kan frit etablere op til syv filialer (altså op til otte receptekspederende enheder) inden for en radius af 75 km fra moderapoteket.

Staten bestemmer rammerne for apotekets drift (eksempelvis åbningstider, medicinsikkerhed, bemanding m.m.) samt pris og avance på medicinen. Endvidere er der meget stor sikkerhed omkring apotekets distribution, opbevaring og udlevering af medicin.