Alle apoteker betaler en afgift af deres omsætning. Det kaldes sektorafgifter, og de opkræves som en andel af stort set hele omsætningen. Sektorafgifterne skal dække udgifterne til en række fælles forpligtelser for sektoren - eksempelvis at sikre borgerne en let adgang til lægemidler. Det gøres gennem filialtilskud, tilskud til supplerende enheder og til apoteksudsalg.
Apotekerne betaler også til en vagtordning, hvor der gives tilskud til de apoteker, der har åbent uden for normal åbningstid. En anden af sektorens forpligtelser er at uddanne farmakonomer. I modsætning til mange andre uddannelser, der finansieres direkte af offentlige midler, bliver farmakonomuddannelsen finansieret via lægemiddelpriserne.
Hovedparten af sektorafgifterne forsvinder ud af apotekssektoren
En del af sektorafgifterne bruges altså til at finansiere forskellige tilskud til apotekerne. En anden del går til at finansiere opgaver, der løses uden for sektoren, men hvor det er valgt af politikerne, at opgaven skal finansieres over lægemiddelpriserne. Ud over farmakonomuddannelsen dækker det blandt andet over et administrationsgebyr til Sundhedsstyrelsen, en tjenestemandslignende pension fra staten samt en henstandsordning for kroniske patienter, der får kredit på apoteket.
Afgiftssatserne fastsættes for et år ad gangen ud fra den forventede omsætning samt det forventede behov for tilskud. Sektorafgiftsordningen betyder, at der flyttes store summer rundt i apotekssektoren. I praksis er det netto dog et mindre beløb for det enkelte apotek, da alle apoteker både betaler afgifter og får tilskud.