Danmarks Apotekerforening har 181 medlemmer, der beskæftiger ca. 5.600 ansatte på apotek. Det overordnede ansvar for foreningens aktiviteter og politiske aktiviteter forvaltes af bestyrelsen, der består af syv apotekere.

Foreningens medlemmer er placeret i fem kredsforeninger, der er lokale afdelinger af Apotekerforeningen. Kredsforeningerne varetager medlemmernes faglige interesser lokalt.

Danmarks Apotekerforening ejer datterselskaberne DataPharm (apoteks-it) og Pharmakon, der er en uddannelsesinstitution, der bl.a. uddanner farmakonomer og efteruddanner apotekspersonale.

Danmarks Apotekerforening er involveret i internationalt samarbejde bl.a. via PGEU (Pharmaceutical Group of the European Union) og FIP (Fédération Internationale Pharmaceutique).