Apotekerne har en aktiv rolle i at sikre borgernes sundhed og sygdomsforebyggelse. Derfor samarbejder apotekerne med regioner og kommuner samt med en række patientforeninger for at sætte fokus på danskernes folkesundhed og kroniske sygdomme – for eksempel ved at bidrage aktivt til den årlige diabetesdag og hjertedagen. Apotekerne er derudover repræsenteret i forskellige råd, nævn og bestyrelser.
Apotekerne samarbejder med mange forskellige aktører om at opnå bedre brug af medicin hos kroniske patienter, borgere med stort medicinforbrug og andre med særlige behov.
Apotekerne indgår ligeledes løbende i forskellige partnerskaber med eksempelvis patientforeninger om forebyggelse og sundhedsfremme.
Desuden er apoteket som en del af det nære sundhedsvæsen en oplagt samarbejdspartner for eksempelvis kommuner og regioner - herunder de nye sundhedsråd. Her kan de blandt andet hjælpe med medicingennemgang, undervisning af plejepersonale og rygeafvænning til medicinkurser på plejecentre og botilbud. Apotekerne har i dag samarbejde med størstedelen af landets kommuner.
Apotekerne sidder i en række formelle råd og nævn - eksempelvis: