Foreningens daglige drift varetages af et sekretariat, der servicerer apotekerne og varetager deres interesser, blandt andet som forhandlingspartner i forhold til Indenrigs- og Sundhedsministeriet, og de to personaleforeninger i apoteksområdet, Pharmadanmark og Farmakonomforeningen.
Foreningens sekretariat består af 52 medarbejdere og ledes af administrerende direktør Lars Pram.
Sekretariatet blev grundlagt i 1926 og flyttede i 1986 til Dehns Palæ, Bredgade 54. Efter en storbrand i palæet i maj 2010 blev foreningens sekretariat midlertidigt flyttet til Kanonbådsvej 10 på Holmen, mens Dehns Palæ var under genopbygning. Sekretariatet flyttede i september 2015 tilbage til Dehns Palæ.
Se og download pressefotos af Danmarks Apotekerforenings chefgruppe her: Chefgruppen