Foreningens daglige drift varetages af et sekretariat, der servicerer apotekerne og varetager deres interesser, blandt andet som forhandlingspartner i forhold til Indenrigs- og Sundhedsministeriet og de to personaleforeninger i apoteksområdet, Pharmadanmark og Farmakonomforeningen.
Foreningens sekretariat består af 56 medarbejdere og ledes af administrerende direktør Anders Kretzschmar og viceadministrerende direktør Dan Rosenberg Asmussen.
Sekretariatet blev grundlagt i 1926 og flyttede i 1986 til Dehns Palæ, Bredgade 54. Efter en storbrand i palæet i maj 2010 blev foreningens sekretariat midlertidigt flyttet til Kanonbådsvej 10 på Holmen, mens Dehns Palæ var under genopbygning. Sekretariatet flyttede i september 2015 tilbage til Dehns Palæ.
Kontakt Danmarks Apotekerforening her: apotekerforeningen