Foreningens sekretariat består af 52 medarbejdere og ledes af administrerende direktør Lars Pram.
Foreningens daglige drift varetages af et sekretariat, der servicerer apotekerne og varetager deres interesser, blandt andet som forhandlingspartner i forhold til Indenrigs- og Sundhedsministeriet, og de to personaleforeninger i apoteksområdet, Pharmadanmark og Farmakonomforeningen.
Sekretariatet blev grundlagt i 1926 og flyttede i 1986 til Dehns Palæ, Bredgade 54. Efter en storbrand i palæet i maj 2010 blev foreningens sekretariat midlertidigt flyttet til Kanonbådsvej 10 på Holmen, mens Dehns Palæ var under genopbygning. Sekretariatet flyttede i september 2015 tilbage til Dehns Palæ.